วัดมกุฏคีรีวัน แต่เดิมตอนเริ่มก่อตั้งเป็นเพียงสำนักปฏิบัติธรรมชื่อ "มกุฏคีรีวัน" โดยมีสมเด็จพระพุทธชินวงศ์ (ประจวบ กนฺตจาโร) อดีตเจ้าอาวาสวัดมกุฏกษัตริยารามวรวิหาร ผู้เป็นกรรมการมหาเถรสมาคมและอธิการบดีมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย เป็นผู้นำบุกเบิกพื้นที่ด้วยตนเอง เมื่อปลายปี พ.ศ. 2531 ช่วงแรกบริเวณนี้ยังเป็นป่าและชุกชุมไปด้วยสัตว์นานาชนิด แต่ด้วยแรงศรัทธาของญาติโยมทำให้สำนักปฏิบัติธรรมแห่งนี้มีการพัฒนาเปลี่ยนแปลงเป็นลำดับมีการก่อสร้างเสนาสนะ วิหาร ศาลาการเปรียญตลอดจนขายไฟฟ้า ประปา และถนนลาดยาง จนทำให้สำนักปฏิบัตินี้กลายเป็นศาสนสถานที่สวยงาม ร่มรืนด้วยต้นไม้ สำนักปฏิบัติธรรมมกุฏคีรีวันได้ปรับสถานะเป็นวัดมกุฏคีรีวัน และได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อวันที่ ๒๗ ธันวาคม ๒๕๔๕ โดยมีจุดประสงค์การจัดตั้งนอกเหนือจากเป็นศาสนสถานแล้วยังใช้เป็นสถานที่ปฏิบัติธรรมกัมมัฏฐานของพระนักศึกษาจากสภาการศึกษามหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัยสงฆ์หนึ่งในสองแห่ง รวมถึงจัดเป็นแหล่งศึกษาสิ่งแวดล้อมและอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติ

ศาสนสถานสำคัญที่เป็นจุดเด่น คือพระมหาเจดีย์มกุฏคีรีวัน สร้างอยู่บนยอดเขาชื่อว่า "เนินปัญจสิงขร" วัดความกว้างได้ 48 เมตร ยาว 48 เมตร นับเป็นมหามงคลและเฉลิมพระเกียรติแด่สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี องค์อุปถัมภ์มหาวชิราลงกรณราชวิทยาลัยที่ทรงมีพระชนมายุครบ 48 พรรษา เมื่อปี พ.ศ.2546 (หลังวัดได้รับการตั้งเป็นทางการประมาณ 1 ปี)