เจดีย์ยอดปราสาท ตั้งอยู่ระหว่างหอระฆังและเจดีย์องค์ใหญ่ สร้างเมื่อ พ.ศ. 2413 เป็นปราสาทห้ายอด ก่ออิฐถือปูน ยอดเจดีย์เป็นทรงปราสาทประดับด้วยปราสาทจำลองประจำทิศ ๔ ทิศ คือ ทิศเหนือ ทิศใต้ ทิศตะวันออก และทิศตะวันตก ถัดลงมาเป็นชั้นวิมาน ๒ ชั้น ซุ้มจรนำ ๔ ทิศ ประดิษฐานพระพุทธรูปทุกซุ้ม ส่วนฐานประดิษฐานพระพุทธรูปปางป่าเลไลย์ประจำในทิศตะวันออก พระพุทธรูปทรงเครื่องใหญ่และทรงเครื่องน้อยปางห้ามสุทร และพระมาลัยประจำทิศตะวันตก และรอยพระพุทธบาทและพระพุทธรูปปางสมาธิประจำทิศใต้ ทั้ง ๓ ทิศ ทำซุ้มหลังคามุมกระเบื้อง ไขราหน้าจั่วประดับปูนปั้น มีรายเอียดดังนี้

หน้าบันทิศตะวันใต้ ด้านบนบริเวณกึ่งกลางหน้าบันประดับลายดอกพุดตาน ถัดลงมาเป็นจารึกบอกปีการสร้างและปีการบูรณะภายในกรอบสี่เหลี่ยม กล่าวคือ สร้างเมื่อปี พ.ศ. ๒๔๑๓ บูรณปฏิสังขรณ์ เมื่อ เดือนมิถุนายน ร.ศ. ๑๑๙ (พ.ศ. ๒๔๔๓) วางบนพานมีเชิง ล้อมรอบด้วยลายพันธุ์พฤกษา

หน้าบันทิศตะวันออก ด้านบนบริเวณกึ่งกลางหน้าบันประดับลายดอกบัวบานมีก้านยาว ถัดลงมากรอบรูปวงรีวางบนพานมีเชิง ล้อมรอบด้วยลายพันธุ์พฤกษา

จากรูปแบบลายประดับบนหน้าบันทั้ง ๒ ด้าน อาจเป็นไปได้ว่าหน้าบันทิศใต้ถูกบูรณะขึ้นใหม่ในช่วง พ.ศ. ๒๔๔๓ ดังปรากฏในจารึกบนหน้าบัน ส่วนหน้าบันทางทิศตะวันออกเป็นลวดลายเดิม เนื่องจากลักษณะและความสมบูรณ์ของลวดลาย อีกทั้งการจัดองค์ประกอบของลายที่ปรากฏเป็นลักษณะที่นิยมในช่วงรัชกาลที่๔ – ต้นรัชกาลที่ ๕ ซึ่งใกล้เคียงกับปีการสร้างที่จารึกไว้