อำเภอบางคล้า ตั้งขึ้นเมื่อปี พุทธศักราช 2444 โดยสร้างที่ว่าการอำเภอบนที่ดินของชาวบ้านอยู่บริเวณปากคลองบางคล้า ตำบลบางสวน ซึ่งปัจจุบัน คือ ที่ตั้งวัดใหม่บางคล้า ชื่ออำเภอบางคล้าตั้งตามชื่อหมู่บ้าน ซึ่งเป็นที่ตั้งของที่ว่าการอำเภอในขณะนั้น คือ "บ้านบางคล้า" เหตุที่เรียกว่า บ้านบางคล้า เพราะเป็นบริเวณที่มีต้นคล้าขึ้นอยู่มากมายทั่วบริเวณ ครั้นในเวลาต่อมาทางราชการได้พิจารณาเห็นว่า ที่ตั้งของที่ว่าการอำเภอนั้นไม่เหมาะสม ลำบากต่อการไปมาติดต่อของราษฎร และไม่สะดวกแก่การปกครอง เพราะพื้นที่ตั้งที่ว่าการอำเภอนั้น อาศัยปลูกในที่ราษฎรโดยการเช่าที่ จะปลูกบ้านพัก โรงพักหรืออาคารไปรษณีย์ก็ไม่ได้ จึงได้จัดซื้อที่ดินของรัฐใหม่ เพื่อสร้างที่ว่าการอำเภอให้เพียงพอแก่ประโยชน์ใช้สอยของทางราชการ และสะดวกต่อการติดต่อของประชาราษฎร์ จากนั้นได้ย้ายที่ว่าการอำเภอมาตั้งที่ตำบลเตาสุรา ซึ่งอยู่ห่างจากที่ว่าการเดิมประมาณ 5 กิโลเมตร ไปทางทิศตะวันออก ซึ่งเป็นย่านกลางหรือย่านชุมชน ส่วนสาเหตุที่เรียกว่า ตำบลเตาสุรา ก็เพราะว่าในพื้นที่นี้มีโรงต้มเหล้าของทางราชการตั้งอยู่ ซึ่งชาวบ้านเรียกกันตามภาษาว่า “โรงเหล้า”เมื่อย้ายที่ว่าการอำเภอมาตั้งใหม่ ชาวบ้านก็เรียกกันโดยทั่วไปว่า “อำเภอโรงเหล้า”เพราะตั้งที่ว่าการอำเภอที่ตำบลเตาสุรา ต่อมาทางการเห็นว่า ชื่อตำบลไม่ตรงกับชื่ออำเภอ อีกทั้งชื่ออำเภอที่ชาวบ้านเรียกตามชื่อตำบลนั้นไม่เป็นทางการ จึงได้มีการเปลี่ยนชื่อ ตำบลเตาสุรา เป็นตำบลบางคล้าตามชื่ออำเภอและใช้เรียกกันมาจนทุกวันนี้

อำเภอบางคล้าเดิมมีเขตการปกครองทั้งหมด 17 ตำบล ต่อมาทางราชการเห็นว่า อำเภอบางคล้า มีพื้นที่กว้างไกลยากแก่การที่ประชาชน จะมาติดต่อกับทางราชการได้สะดวก และยากที่จะปกครองดูแลได้อย่างทั่วถึง จึงได้แบ่งพื้นที่ทางทิศใต้ของอำเภอออกไป 3 ตำบล ได้แก่ ตำบลหัวสำโรง ตำบลแปลงยาว และตำบลวังเย็น ตั้งเป็นกิ่งอำเภอแปลงยาว เมื่อวันที่ 16 ตุลาคม 2521 ทำให้อำเภอบางคล้า เหลือตำบลทั้งหมด 14 ตำบล ต่อมาในปีพุทธศักราช 2536 ได้มีประกาศกระทรวงมหาดไทย วันที่18 พฤษภาคม 2536 เรื่องแบ่งเขตท้องที่อำเภอบางคล้า จังหวัดฉะเชิงเทรา ตั้งเป็นกิ่งอำเภอคลองเขื่อน มีเขตการปกครองรวม 5 ตำบล คือ ตำบลก้อนแก้ว ตำบลคลองเขื่อน ตำบลบางเล่า ตำบลบางโรง และตำบลบางตลาด จากประกาศกระทวงมหาดไทยเรื่อง แบ่งเขตพื้นที่อำเภอบางคล้า จังหวัดฉะเชิงเทรา ตั้งเป็นกิ่งอำเภอคลองเขื่อนดังที่กล่าวมาแล้วนั้น ทำให้เขตท้องที่อำเภอบางคล้าในปัจจุบันมีพื้นที่เขตการปกครองเหลือ 9 ตำบล 56 หมู่บ้าน

คำขวัญอำเภอบางคล้า มะม่วงหวาน ข้าวสารดี มีค้างคาว มะพร้าวน้ำหอม