วัดคลองขุดเล็กตั้งอยู่ที่บ้านคลองขุดเล็ก หมู่ที่ 1 ตำบลแพรกหนามแดง อำเภออัมพวา จังหวัดสมุทรสงคราม
วัดคลองขุดเล็ก แต่เดิมตั้งเป็น สำนักสงฆ์ ชื่อสำนักสงฆ์ศรีทองใบ เมื่อ พ.ศ. 2526
ผู้ริเริ่มก่อตั้งวัด คือ พระปลัด บุญเลิศ จนฺทโสภโณ และนายช้วน ขุนนุช โดยมีประชาชนบริจาคที่ดินให้ จำนวน 10 ไร่ 16 ตารางวา และได้รับอนุญาตให้ตั้งเป็นวัด ได้เมื่อวันที่ 5 ตุลาคม พ.ศ. 2537 กรรมการมหาเถรสมาคมพิจารณาให้ชื่อวัดว่า “วัดคลองขุดเล็ก” ตามชื่อของหมู่บ้าน และได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อวันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2542
สภาพเดิมของวัดคลองขุดเล็ก เป็นสวนมะพร้าว หน้าวัดคือคลองขุดสมบูรณ์ ติดต่อกับคลองแขก สถานที่ตั้งวัดค่อนข้างกันดาร หมู่บ้านน้อย และอยู่ใกล้กับสุเหร่าของศาสนาอิสลาม ประชาชนนับถือพุทธ ศาสนาจริงๆ จึงมีจำนวนน้อย ต้องอาศัยพุทธศาสนิกชนต่างถิ่นมาช่วยเหลือ บูรณปฏิสังขรณ์
เมื่อวันที่ 15 กันยายน 2546 พระปลัดบุญเลิศ จนฺทโสภโณ เจ้าอาวาสรูปแรกของวัดคลองขุดเล็กได้มรณภาพลง ท่านเป็นพระปฏิบัติชอบ มีความงดงามในสมณเพศ ท่านเป็นเจ้าของน้ำมันนวดสมุนไพร “น้ำมันทิพย์มนต์” แก้ปวด แก้เมื่อย
สิ่งสำคัญของวัดที่ควรชม และนมัสการ ได้แก่
พระประธานในอุโบสถและสภาพแวดล้อมที่ร่มรื่น เงียบสงบ
การเดินทางไปวัดคลองขุดเล็กได้ 3 ทาง คือ ทางแรกถนนธนบุรี – ปากท่อ เลยทางเข้าบ้านคลองโคน – วัดเขายี่สารประมาณ 1 กิโลเมตร ทางขวามือมีป้ายบอกทางเข้าวัดถนนลูกรัง ระยะทาง 3 กิโลเมตร 200 เมตร ทางที่ 2 เข้าทางวัดโคกเกตุฯ ผ่านมัสยิด ถึงทางแยกเลี้ยวขวาไปวัดคลองขุดเล็ก ทางที่ 3 ถนนธนบุรี – ปากท่อ ก่อนถึงสะพานข้ามคลองโคน ขวามือมีทางเข้าถนนใหญ่ไปมัสยิด ถึงทางแยกเลี้ยวซ้ายไปวัดคลองขุดเล็ก
เจ้าอาวาส :พระมหาวิรัช ฐิตวโร