อำเภอแม่จันหรือบ้านแม่จัน เดิมเป็นเพียงหมู่บ้านหนึ่งในเขตควบคุมของเมืองเชียงแสน หลังจากเมืองเชียงแสนเป็นเมืองร้างด้วยผลของการขับไล่พม่าตั้งแต่ พ.ศ.๒๓๔๗ ในปี พ.ศ.๒๔๒๑ เชียงใหม่เริ่มดำเนินการฟื้นฟูเมืองเชียงแสนด้วยการอพยพราษฎร ๑,๕๐๐ ครอบครัวจากลำพูนมาตั้งถิ่นฐาน แต่ไม่สามารถนำไพร่พลเข้าไปตั้งเมืองได้ เนื่องด้วยชาวเชียงตุงที่มาตั้งหลักแหล่งอยู่ก่อนแล้วต่อต้าน จึงถอยร่นไปตั้งหลักที่เมืองพาน (อำเภอพานในปัจจุบัน) จนกระทั่งเชียงใหม่บรรลุการเจรจากับเชียงตุง เชียงแสนจึงตั้งขึ้นใหม่ได้อีกครั้ง เมื่อ พ.ศ. ๒๔๒๓ ซึ่งเมืองเชียงแสนมีพื้นที่ครอบคลุมบริเวณที่ราบลุ่มเชียงแสนทั้งหมด มีอาณาเขตที่กว้างขวาง

ต่อมาเหตุการณ์บ้านเมืองสยามประเทศเกิดวิกฤตการล่าอาณานิคมทั้งฝรั่งเศสและอังกฤษประชิด หัวเมืองชายแดน ในเหตุการณ์นี้การคุกคามจากฝรั่งเศสได้บานปลายจนกลายเป็นสงครามระหว่างสยามกับฝรั่งเศส แล้วลงเอยด้วยการที่สยามต้องลงนามในสนธิสัญญา – ฝรั่งเศส เมื่อวันที่ ๓ ตุลาคม ค.ศ. ๑๘๙๓ (ร.ศ. ๑๑๒, พ.ศ. ๒๔๓๖) หลังจากสนธิสัญญาฯ ฉบับนี้เกิดขึ้น ทำให้เกิดปัญหาการละเมิดอธิปไตยเขต ๒๕ กิโลเมตร ในบริเวณฝั่งขวาและแม่น้ำโขงที่เกิดจากชาวฝรั่งเศสเกิดขึ้นหลายๆ พื้นที่ เพราะเขต ๒๕ กิโลเมตร เป็นเขตที่สยามไม่สามารถจะส่งทหารเข้ามาหรือมีกองทัพทหารได้ เพราะในสนธิสัญญา ปี พ.ศ. ๒๔๓๖ ข้อที่ ๓ และ ๔ ดังนั้นในปีต่อมา ทางการเริ่มจัดการย้ายศูนย์ราชการเมืองเชียงแสนออกมาตั้งที่บ้านแม่คี ซึ่งบ้านแม่คีถือว่ามีความเจริญอยู่เดิมแล้ว เนื่องจากเป็นแหล่งชุมชนชุมทาง และด่านเก็บภาษีขนาดใหญ่

หลังจากปี พ.ศ. ๒๔๓๗ จากการที่หัวเมืองประเทศล้านนาถูกอังกฤษและฝรั่งเศสขนาบโอบล้อม พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้จัดตั้งมณฑลเทศาภิบาลปกครองเมืองต่างๆ ขึ้น เพื่อง่ายต่อการบริหารราชการบ้านเมือง

ในปี พ.ศ. ๒๔๔๒ เป็นปีกุน (ปีช้าง) จุลศักราช ๑๒๖๑ รัตนโกสินทร์ศก ๑๑๘ คริสตศักราช ๑๙๐๐ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้เจ้าน้อยไชยวงษ์ หรือเจ้านายน้อยไชยวงษ์ เป็นนายอำเภอแม่จัน หรือเรียกว่า “แขวงเชียงแสนหลวง”คนแรก ซึ่งย้ายจากเมืองเชียงแสน (เวียงเก่า) มาตั้งอยู่ที่บ้านแม่คีจากนั้นย้ายที่ทำการอาคารแขวงเชียงแสนหลวง (อำเภอแม่จัน) จากหมู่บ้านแม่คีลงมาทางทิศใต้ประมาณ ๓ กิโลเมตร มาสร้างที่ว่าการแขวงเชียงแสนหลวงใหม่ที่ริมฝั่งแม่น้ำจันตำบลกาษา (กาษา) จนถึงปี พ.ศ.๒๔๘๒ ได้เปลี่ยนชื่อจาก“แขวงอำเภอเชียงแสน”หรืออำเภอเชียงแสน” มาเป็น“อำเภอแม่จัน”ตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา